Πρώτη μεγάλη αλλαγή για το SP, τα ηλεκτρονικά βοηθήματα, με το Yamaha Ride Control (YRC) να αποκτά πρόσθετες ρυθμίσεις με γνώμονα τη χρήση πίστας. Εδώ, είναι δυνατή η εκτενέστερη παραμετροποίηση των χαρακτηριστικών του κινητήρα καθώς και του επιπέδου παρέμβασης των διαφόρων ηλεκτρονικών βοηθημάτων, όπως του traction και του slide control.
Ομοίως με το MT-09, το MT-09 SP θα έρχεται με τρεις λειτουργίες οδήγησης, τις Sport, Street και Rain, ενώ θα έχει «χώρο» και για δύο προσαρμοσμένες ρυθμίσεις που θα οριστούν από τον αναβάτη. Επιπλέον, το SP θα αποκτήσει τέσσερις λειτουργίες ονόματι Track, οι οποίες θα μπορούν επίσης να προσαρμόζονται από τον αναβάτη. Οι προσαρμόσιμες λειτουργίες Track επιτρέπουν τις ρυθμίσεις του Engine Brake Management (EBM) μέσω δύο ρυθμίσεων, του Brake Control (BC), αλλά και την απενεργοποίηση του ABS στο πίσω φρένο. Τα παραπάνω σετάρονται είτε από την TFT 5’’ της μοτοσυκλέτας με το θέμα "Track", είτε από την εφαρμογή Yamaha MyRide.
Το SP κερδίζει επίσης και στα περιφερειακά σε σύγκριση με το απλό MT-09. Στα φρένα συναντάμε τις δαγκάνες Brembo Stylema καθώς και ρυθμιζόμενη ανάρτηση εμπρός και πίσω, με μπροστινό πιρούνι των 41 mm της KYB με επίστρωση Diamond Like Carbon (DLC) να ρυθμίζεται ως προς την επαναφορά, τη συμπίεση και τη ρύθμιση προφόρτισης. Το πίσω monoshock της Ohlins σετάρεται ως προς την επαναφορά και τη συμπίεση.
Τέλος, τόσο η εμπρός όσο και η πίσω ανάρτηση διαθέτουν υψηλότερο ρυθμό ελατηρίου σε σύγκριση με το στάνταρ, ενώ διαφορετικό είναι και το ψαλίδι, καθώς στο SP είναι κατασκευασμένο από βουρτσισμένο αλουμίνιο.
Το 2024 Yamaha MT-09 SP θα είναι διαθέσιμο σε μία χρωματική επιλογή, την «Icon Performance», η οποία σύμφωνα με τη Yamaha είναι εμπνευσμένη από τη supersport ναυαρχίδα, το R1M.
